自營旗艦店是指生產廠家自己經營的旗艦店。官方旗艦店指的是經生產廠家官方認可的旗艦店。
區別：
一、認證方法不同。
自營店旗艦店等于銷售平臺的供貨商。而官方旗艦店是品牌方開的店鋪，象征著品牌。
二、不同的銷售方式。
專賣店是銷售平臺的供應商。官方旗艦店是品牌的邊店，象征著品牌。
三、物流是不同的。
這家自辦店是從商家那里買回來并放回自己的倉庫，自己物流配送，速度快，有問題要上門取換。官方旗艦店一般駐扎在企業中，第三方物流，相對較慢。
四、不同的銷售渠道。
自我管理是B2B（制造商賣給商店），然后是B2C（商店賣給消費者）。品牌方面的旗艦店是B2C（廠家賣給消費者）。
五、毛利潤是不同的。
自辦商店利潤低，帳期長。官方旗艦店沒有假貨，利潤很高。
旗艦店的特點作用：
一、權威性。有效肅清假冒偽劣產品，起到以正視聽的作用。
二、身份明確。維護消費者的知情權益。
三、經營穩定。長期經營不是短期行為，能有效維護自身形象及消費者利益。
四、值得信賴。能讓網購者真正放心購物，明白購物。
五、成本低，效率高。這是一般網店所具有的特點，作為官方網店效果更明顯。
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