1、經營方式不同。京東自營店是京東商城自己獨自運營的店鋪，自己進貨，自己經營。京東直營店則是京東商城將一部分店鋪以出租的形式給第三方經營，叫非自營店。而京東只是負責提供一個雙方買賣的平臺，其他的品牌商進來的店鋪，叫京東自營店。
產品標準不同，京東自營用京東自己的做招牌，在銷售，口碑、服務、價格方面都有優勢，但是對庫存、銷售的要求非常嚴格，產品可靠性、配套的售后、物流都有嚴格標準。非自營在產品線上靈活性就要更高，可以覆蓋全品牌、全型號。在產品的長周期和多元化方面、非自營的優勢高于自營。
2、兩者扣點不同。第三方店鋪京東的扣點不多，也就是說商家的利潤多些，隨之而來的就是流量也不多。銷量不容易上去。
3、利潤來源不同。商家把產品提供給京東自營，供貨價不高，等于把零售利潤出讓了一部分給京東。換來的是流量大，可以上他們的各種活動，銷量當然也很大。也就是說商家通過供貨給京東自營，損失了一部分利潤，換來了產品的高曝光率和銷量。
京東自營是什么？
自營店鋪是京東權威性比較高的店鋪，權重大，流量多，更是目前京東的一個戰略方向
1、京東自營 GMV 占比京東商城整體銷售額 70%以上
2、每一件自營商品都帶有京東(自營)標識，消費者更信賴。
3、京東自營商品可以實現 211、限時達、夜間配等高效配送，消費者購物體驗更好。
4、自營商品可以參加京東所有資源位的活動，部分需要付費購買。
5、自營商品在平臺上銷售是品牌推廣的一個重要渠道。
6、京東自營供應商只需要負責頭程運輸費用，節省商家倉儲和配送費用。
7、京東自營供應商無技術服務年費
京東自營也就是售后和出售，是專門由京東官方負責的，是一個店家直接到買家的形式，比如說商品的服務寫的是由京東發貨并且還提供售后服務的話就是屬于京東自營，或者是廠商直接送的這類商家也是屬于自營。
自營電商(自營式電商)經過一定的發展成功塑造了商城的強有力的品質和售貨保障形象，加強了電商對商品來源、商品質量、商品供應及物流配送的管控能力，實現了商品的垂直化供應，使終端消費方獲得更加優質的產品和服務。
可以覆蓋全品牌、全型號，產品多樣化可供消費者選擇。缺點也明顯：林子大了，難免良莠不齊。物流有的用京東，也有的是自己的，也有外包的。售后有的按照廠家標準，有的按照京東標準，評價褒貶不一。
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