自營官方旗艦店跟旗艦店的區別是：
1、認證途徑不同：
自營旗艦店是指生產廠家自己經營的旗艦店；官方旗艦店指的是經生產廠家官方認可旗艦店。
2、銷售方式不同：
自營店就是銷售平臺的供貨商；而官方旗艦店就是品牌方開的店鋪 ，象征著品牌 。
3、銷售渠道不同：
自營就是廠家賣給店家，以后店家再賣給消費者；品牌方開的旗艦店就是由廠家賣給消費者。
4、物流不同：
自營店是從商家那里采購回來放在倉庫，用自己的物流配送，速度比較快，有問題上門取件會給更換；官方旗艦店一般是入駐的商家，有第三方物流，相對會慢一些。
5、毛利潤不同：
自營店利潤低， 賬期久；官方旗艦店無假貨，利潤相對高。
自營旗艦店特點作用：
一、權威性。有效肅清假冒偽劣產品，起到以正視聽的作用。
二、身份明確。維護消費者的知情權益。
三、經營穩定。長期經營不是短期行為，能有效維護自身形象及消費者利益。
四、值得信賴。能讓網購者真正放心購物，明白購物。
五、成本低，效率高。這是一般網店所具有的特點，作為官方網店效果更明顯。
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